微生物膜应在2 ℃—8 ℃下干燥保存，保质期一年。使用前量取大约500mL0.005 mol/L的磷酸盐缓冲溶液，倒入活化箱中，加入大约2g葡萄糖和0.5g谷氨酸，目的是给微生物提供营养。取一片生物膜，放入营养液中，盖上盖，通电，这时，活化箱里保持大约35℃温度，适宜微生物生长。浸泡48小时（温度在33℃-40℃之间）。然后将其安装在电极上，将仪器的进液管和出液管放入活化箱中，在仪器的清洗工作状态下，让生物膜持续活化，这时仪器信号会缓慢下降，这是因为微生物逐渐增多后消耗周围的溶解氧。大约十几个小时后信号会降到最小，大约100左右，这说明微生物已经足够多。然后将进液管放入清洗液中开始清洗流路，信号逐渐上升，几小时后，上升变得非常缓慢。大约为1000左右，甚至更高。这时活化完成。
刚活化完的膜还不够稳定，应用清洗液和25mg/L标样轮流进样，即清洗8分钟，测样8分钟，循环几次，才能达到输出稳定。
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